Il existe au F.B.I. un service à part, qui s'occupe des affaires « non classées ». Des affaires qui dérangent... Mulder, spécialiste du paranormal, et sa partenaire Scully, une scientifique sceptique, sont chargés des cas insolites. Eux savent que la vérité est ailleurs...

La jeune archéologue progressait à tâtons vers le coeur de la pyramide maya oubliée depuis des siècles. Soudain, elle entrevit une surface métallique, parfaitement lisse. Elle recula : « Non, ce n'est pas possible... Ce ne sont que des légendes ! » Ses mots résonnèrent dans les couloirs du temple. Et, pendant ce temps, sous le soleil implacable de la jungle, des rafales d'armes automatiques claquaient...

Mulder et Scully, partis enquêter sur la disparition d'une équipe d'archéologues américains, se retrouvent à Xitaclan, capitale des mayas, ville perdue où, dit-on, sont concentrées toutes les forces mystiques des temps anciens. Seuls, ils vont tenter de résoudre des énigmes sur lesquelles se penchent les historiens depuis plus de milles ans. Et les réponses qu'ils vont trouver risquent de faire trembler les fondations de notre peuple moderne. Un monde dominé par la peur et l'envie...

Et fois de plus, Mulder et Scully sont seuls, aux Frontières du réel...